Манфред Вебер е роден в Нидерхатцкофен (Бавария) през 1972 г. като втори от трима братя. След като завършва средното си образование през 1990 г., отбива военната си служба в Нойбург ан дер Донау. Манфред завършва физическо инженерство в Университета за приложни науки в Мюнхен през 1996 г. През 2002 г. се жени. След като получава дипломата си по физическо инженерство, той работи като самостоятелен инженер, преди да основе две компании. Манфред Вебер започва да опитва политическите води още на 16-годишна възраст, като през 1989 г. става член на Junge Union и на Християнсоциалния съюз (ХСС ). От 2003 г. до 2007 г. той ръководи Junge Union Бавария като регионален председател. На 29-годишна възраст Манфред Вебер става най-младият член на баварския парламент през 2002 г. През 2004 г. подава оставка, след като е избран за член на Европейския парламент. От 2009 г. е член на партийното председателство на ХСС, а от 2015 г. е заместник-председател на ХСС. От 2009 г. до 2015 г. е председател на Комитета за бъдещето на ХСС, а от 2008 г. до 2016 г. е и председател на партията на ХСС в родния си окръг Нидербайерн. Освен професионалната и политическата си дейност Манфред Вебер е член на централния комитет на католиците в Германия от ноември 2016 г., а също така е член на регионалния комитет на католиците в Бавария. Той е избран за член на Европейския парламент през 2004 г. и оттогава е член на комисиите по конституционни въпроси, по граждански свободи, правосъдие и вътрешни работи и по регионално развитие. През 2008 г., като докладчик, той води преговори за Директивата на Европейския парламент относно общите стандарти и процедури в държавите-членки за връщане на незаконно пребиваващи граждани на трети страни - първата директива в областта на вътрешните работи, приета по обикновената законодателна процедура. От 2006 г. до 2009 г. Манфред Вебер е говорител по вътрешните работи на групата на ЕНП-ЕД, както е известна групата на ЕНП по това време. От 2006 г. той е член на Бюрото на Групата на ЕНП и след европейските избори през 2009 г. е избран за заместник-председател на Групата на ЕНП, а през 2014 г. става председател.